W okresie programowym 2007-2013 współpraca w wymiarze transgranicznym, transnarodowym i międzyregionalnym promowana będzie w ramach nowego, odrębnego Celu 3 polityki spójności Unii Europejskiej. Cel ten określony został jako Europejska Współpraca Terytorialna.

O rosnącym znaczeniu współpracy terytorialnej w Unii Europejskiej świadczy, obok objęcia go odrębnym celem unijnej polityki spójności, również zwiększenie wysokości środków z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego przeznaczonych na realizację międzynarodowych przedsięwzięć promujących współpracę pomiędzy partnerami pochodzącymi z krajów UE, a także z krajów UE i krajów sąsiadujących. W latach 2007-2013 na rozwój współpracy terytorialnej przeznaczono łącznie na poziomie UE 7,75 mld euro.

Polska, z racji swojego położenia oraz dużego zainteresowania polskich partnerów rozwojem współpracy terytorialnej, ma szanse stać się jednym z głównych beneficjentów programów realizowanych w ramach Celu 3 w okresie 2007-2013.

Polska uczestniczyć będzie w następujących programach Europejskiej Współpracy Terytorialnej:

1. współpraca transgraniczna:
• trzy dwustronne programy na granicy polsko-niemieckiej (z udziałem Meklemburgii, Brandenburgii i Saksonii),
• Polska – Republika Czeska,
• Polska – Słowacja,
• Polska – Litwa,
• Polska – Szwecja – Dania (Południowy Bałtyk),
2. współpraca transnarodowa:
   • Obszar Europy Środkowo-Wschodniej,
   • Region Morza Bałtyckiego,
3. program współpracy międzyregionalnej obejmujący całe terytorium UE.

Na granicach zewnętrznych UE współpraca transgraniczna z krajami partnerskimi będzie wspierana ze środków Europejskiego Instrumentu Sąsiedztwa i Partnerstwa. W ramach tego instrumentu z udziałem Polski realizowane będą programy współpracy transgranicznej z Ukrainą, Białorusią i Obwodem Kaliningradzkim Federacji Rosyjskiej.